standalone blast

blastのインストール

ftpサイトよりexeファイルをダウンロードする。

コマンドプロンプトで「blastp -v」で認識されれば,OK.

データベース作成

NCBIから注目する種のgenomeをダウンロードする。

「genome」のリンクを押すと圧縮ファイルをダウンロードされる。→解凍する。

コマンドプロンプトにてディレクトリをデータベースファイルにする。「cd ディレクトリ」

「makeblastdb –inデータベースファイル名 –dbtype nucl –out データベース名」で実行する。→新しいファイルが3つできる。

一番上のファイルはncbiからとってきた生データ。
下3つが新しいファイル。

「blastn –query queryn.fasta –db Alyratarna –out blastn.txt –perc_identity 80 」で実行。

kum
大学院生。研究対象はトウガラシ。 トウガラシの知見を記します。 その他活動も広報いたします。

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