論文紹介_RNA-seqによる遺伝子発現解析とマーカー開発

今回はChinese cabbage(おそらく青梗菜)の耐熱性品種と遺伝子発現解析とマーカー開発です。

Wang, Shuzhe n, et al. “Transcriptome analysis of non-heading Chinese cabbage under heat stress by RNA-seq and marker identification.” Euphytica 213.5 (2017): 109

私の研究でも,同様の手順を踏むので読みました。

背景

Chinese cabbageは高温(25℃以上)になると生育が落ちる。そのため,高温耐性遺伝子を単離すること,そのメカニズムを解明することが求められているが,公共のデータもない。

そこで,高温耐性品種を用いてRNA-seqし,①遺伝子発現解析,②多型マーカーを作出する。

供試材料

GHA:温度感受性品種

XK:高温耐性品種

手法

Illumina pipelineにてリードクウォリティーチェック,TopHat2,Cufflinks,Cuffmerge,Cuffdiffによって発現量を算出した.

RNA-seqのデータ量は一般的なデータ量とあまり変わらない印象。

遺伝子機能によって発現変動した遺伝子を分類した(Fig1-3)。Fig1では,代謝酵素,転写因子が多いことが分かった.細胞プロセス,代謝関連,結合因子,触媒機能において特徴が見られた(Fig2).COGにおける機能分類では,シグナル伝達関連が大きく変動することが判明した(Fig3_図の縦軸おかしいかも).

他の植物種で報告されている高温耐性関与遺伝子の発現が上昇した。

マーカー開発

MicroSAtellite (MISA, http:// pgrc.ipk-gatersleben.de/misa)にてEST-SSRマーカーを開発した。19,522のSSRマーカーが開発され,80マーカーをランダムに選び,多型が検出されるかを確認すると,36マーカーに多型が確認できた。

SNPは285,573検出された。

まとめ

RNA-seqにて,網羅的解析とマーカー開発を行うことができた。自分の研究を考えると,網羅的解析においてもう少し詳細に解明できることがあればと感じた。

kum
大学院生。研究対象はトウガラシ。 トウガラシの知見を記します。 その他活動も広報いたします。

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